Sarà Marc Marquez a partire dalla pole position del Gran Premio della Malesia, penultimo round del Motomondiale. Le qualifiche si sono disputate in ritardo rispetto alla tabella di marcia a causa di un violento nubifragio che ha allagato la pista. Passato il forte scroscio, il programma è proseguito con l'asfalto leggermente bagnato. Marquez, nonostante una scivolata alla curva 4, si è preso la leadership col crono di 2'12"161 (ottantesima partenza dal palo), precedendo di 548 millesimi la Yamaha Tech 3 di Johann Zarco. Completa la prima fila la Yamaha di Valentino Rossi, a 848 millesimi dallo spagnolo della Repsol Honda. Lo spagnolo è stato penalizzato di sei posizioni per aver ostacolato Andrea Iannone 

Andrea Dovizioso si è dovuto accontentare della quarta piazza. Il forlivese, nel tentativo di arpionare la prima fila (era in linea con i tempi di Marquez), è incappato in una caduta senza conseguenze alla curva 9 nelle battute finali. Il forlivese scatterà tra la Suzuki di Andrea Iannone e la Ducati Octo Alma Pramac di Jack Miller. "Fortunatamente sono riuscito a rimanere in seconda fila - afferma Dovizioso -. Sono arrivato troppo veloce e l'ho persa. Stavo facendo un buon tempo nonostante non avessi un buon feeling. Avere girato col bagnato ci ha permesso di avere dei feedback per la gara. Sono contento. Possiamo giocarcela. Per la gara sarà tosta, ma siamo competitivi. Mi piacerebbe correre sull'asciutto. Ce la possiamo giocare".

Chiudono la top ten Danilo Petrucci (Ducati Octo Alma Pramac), Alex Rins (Suzuki), Alvaro Bautista (Ducati Angel Nieto) e Dani Pedrosa (Repsol Honda). Non sarà del via Jorge Lorenzo, sostituito da Michele Pirro. Domenica il via è stato anticipato alle 6 per evitare il peggioramento delle condizioni atmosferiche atteso come di consueto nel cuore del pomeriggio.